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南京作为六朝古都，确实没有明朝的痕迹，但这并不意味着明朝和南京没有关系。实际上，明朝开国皇帝朱元璋就曾定都南京，建立了盛极一时的南京城，并且修建了中华门等著名建筑。

但是，后来朱棣夺得皇位后迁都至北京，南京的地位才逐渐下降，虽然仍保留了留都的身份，但已不再是政治中心。因此，在一般意义上谈论“六朝古都”时，通常指的是东吴、东晋、南朝宋、齐、梁、陈这六个朝代，而明朝并不包含在内。

南京作为历史文化名城，仍然保存有大量与明朝相关的文化遗产，如明孝陵、中华门城堡等，这些都见证了南京与明朝的深厚联系。所以，如果从历史发展的角度来看，南京与明朝的关系是十分密切的。